※注意※ この記事には、アニメ・漫画『とある科学の超電磁砲』の重大なネタバレが含まれています。未読・未視聴の方はご注意ください。
「バチバチッ！」という電撃音と共に、学園都市の闇を撃ち抜く一筋の光――。シリーズ累計発行部数3,100万部を超える「とある」シリーズの中でも、絶大な人気を誇るスピンオフ作品『とある科学の超電磁砲（レールガン）』。
主人公・御坂美琴（みさかみこと）とその仲間たちが繰り広げる、爽快で、時に切ない物語は、多くのファンを魅了し続けています。2025年9月現在、アニメシリーズは第3期まで放送され、待望の第4期制作も発表。原作漫画も物語の核心に迫る展開で、ますます目が離せません。
この記事では、アニメシリーズの結末から、気になる漫画の最新話まで、物語の核心に迫るネタバレを徹底解説します。「アニメの続きが気になる！」「あの事件の真相はどうなったの？」そんなあなたの疑問に、レールガンのごとく一直線でお答えします！
『とある科学の超電磁砲』とは？科学と日常が交差する物語
『とある科学の超電磁砲』は、鎌池和馬先生のライトノベル『とある魔術の禁書目録（インデックス）』のスピンオフ作品です。原作・鎌池和馬、作画・冬川基、キャラクターデザイン・はいむらきよたかという布陣で、月刊コミック電撃大王にて連載されています。
舞台は、超能力開発が行われる巨大な「学園都市」。その頂点に立つ7人の「超能力者（レベル5）」の第三位、最強の電撃使い「超電磁砲（レールガン）」の異名を持つ女子中学生・御坂美琴が主人公です。
彼女とルームメイトで「風紀委員（ジャッジメント）」の白井黒子（しらいくろこ）、その同僚の初春飾利（ういはるかざり）、そして無能力者（レベル0）でありながら物語のキーパーソンとなる佐天涙子（さてんるいこ）の4人を中心に、学園都市で起こる様々な事件を描いています。
日常のドタバタコメディから、学園都市の暗部をえぐるシリアスな戦いまで、その緩急自在なストーリーテリングが本作の大きな魅力です。
【アニメネタバレ】各シリーズのあらすじと結末を振り返る
アニメシリーズは現在までに3期が放送され、それぞれが原作の重要なエピソードを丁寧に映像化しています。ここでは、各シリーズの核心に触れるあらすじと結末を振り返っていきましょう。
とある科学の超電磁砲（第1期）：日常と都市伝説の裏に潜む闇
記念すべきアニメ第1期は、美琴たちの日常を中心に描きつつ、学園都市に広まる都市伝説「脱ぎ女（ストリップ）」や、能力を暴走させる音楽ファイル「幻想御手（レベルアッパー）」を巡る事件が描かれます。
【結末】
「幻想御手」の制作者は、能力を使えない人々を救いたいと願う脳科学者・木山春生（きやまはるみ）でした。彼女はかつての教え子たちを救うために、1万人もの学生を犠牲にする計画を実行します。美琴は木山を止めるため激突。最終的に、教え子たちを思う木山の心に触れた美琴は、彼女と協力して子供たちを救い出すことに成功します。事件は解決し、美琴たちの平和な日常が戻ってくるのでした。
とある科学の超電磁砲S（第2期）：シリーズ最重要章「妹達（シスターズ）編」
第2期で描かれる「妹達（シスターズ）編」は、シリーズ全体を通しても最も重要かつ衝撃的なエピソードです。美琴は、自分のDNAマップを元に製造された2万体のクローン「妹達」が、学園都市第一位の超能力者・一方通行（アクセラレータ）の「絶対能力進化（レベル6シフト）計画」の実験のために、一方的に殺され続けているという非道な事実を知ります。
【結末】
たった一人で計画を止めようと奔走し、心身ともに追い詰められる美琴。そんな彼女を救ったのは、本編の主人公・上条当麻でした。彼は「幻想殺し（イマジンブレイカー）」の右手を使い、最強であるはずの一方通行を打ち破ります。実験は凍結され、妹達は救われました。自分の無力さと、守られるだけの存在だった自分に気づいた美琴は涙を流し、仲間たちとの絆を再確認するのでした。
とある科学の超電磁砲T（第3期）：学園都市最大の祭典と新たな脅威
第3期は二部構成。「大覇星祭（だいはせいさい）編」では、学園都市最大のイベントを舞台に、美琴のライバルであり第五位の超能力者・食蜂操祈（しょくほうみさき）との共闘が描かれます。続く「天賦夢路（ドリームランカー）編」では、夢を共有・売買できる「インディアンポーカー」を巡る事件に巻き込まれていきます。
【結末】
「大覇星祭編」では、外部組織の暗躍により美琴の力が暴走。学園都市を危機に陥れますが、上条当麻や仲間たちの尽力により事なきを得ます。「ドリームランカー編」では、夢の世界を操る敵との激しい戦いの末、事件の黒幕を撃破。美琴たちは再び学園都市の平和を取り戻し、物語は一旦の幕を下ろします。
【漫画ネタバレ】アニメの続きは？最新話の展開と今後の伏線
アニメ第3期の続きが気になる方は、原作漫画の16巻の途中から読むのがおすすめです。2025年9月現在、原作漫画はアニメではまだ描かれていない、さらに壮大な物語へと突入しています。
ここから先は、ネタバレを最小限に抑えつつ、今後の展開の核心に触れていきます。
「天賦夢路編」の後、美琴たちが次に直面するのは、学園都市の創設そのものに関わる巨大な陰謀です。これまで断片的にしか語られなかった「暗部」の組織が本格的に動き出し、美琴は否応なくその中心へと引きずり込まれていきます。
そして、彼女の前に立ちはだかるのは、予想だにしなかった人物。それは敵なのか、味方なのか…？
最新話では、美琴の能力の根源や、彼女自身の出生に関わる秘密の一端も明かされ始めています。物語はクライマックスに向け、全ての伏線が一つに収束していくような怒涛の展開を迎えています。果たして美琴は、この巨大な陰謀を打ち破り、大切な日常を守り抜くことができるのでしょうか？
この先の衝撃的な展開は、ぜひご自身の目で確かめてみてください！鳥肌が立つほどのカタルシスがあなたを待っています。
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『とある科学の超電磁砲』をお得に楽しむ方法
ここまで読んで、「アニメを見返したくなった！」「漫画の続きが気になって仕方ない！」という方も多いのではないでしょうか。ここでは、『とある科学の超電磁砲』をお得に楽しむ方法をご紹介します。
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まとめ：今こそ『とある科学の超電磁砲』の世界へ！
今回は『とある科学の超電磁砲』のネタバレを、アニメの結末から漫画の最新話まで一挙にご紹介しました。
仲間との絆、立ちはだかる強大な敵、そして学園都市の深い闇――。御坂美琴の物語は、まだまだ終わりません。アニメで感動した方も、これから初めて触れる方も、この機会にぜひ『とある科学の超電磁砲』の世界に飛び込んでみてはいかがでしょうか。
待望のアニメ第4期の放送が始まる前に、ぜひ原作漫画で物語の最前線に追いついておきましょう！
